早在1830年代，活躍于加拿大中部的浸信會(huì)教徒一直倡議辦學(xué)。直至1887年，參議員William McMaster離世后將其遺產(chǎn)捐出，創(chuàng)辦一所基督徒學(xué)府（a Christian school of learning），而學(xué)校亦以其名字命名。校舍當(dāng)時(shí)設(shè)在位于多倫多市的McMaster Hall，1890年投入運(yùn)作，教授文科及倫理學(xué)，并于1894年首次頒發(fā)學(xué)位。直到1930年，在漢密爾頓市民、校友及安省魁省浸信會(huì)聯(lián)會(huì)(Baptist Convention of Ontario and Quebec)成員的捐助下，校舍遷移至安大略湖西岸的漢密爾頓市。校園早期建筑物包括 University Hall，Edwards Hall，Wallingford Hall等。 而原本位于多倫多的校舍則變成現(xiàn)今的皇家音樂學(xué)院(The Royal Conservatory of Music）。
第二次世界大戰(zhàn)過后，在前校長H.G. Thode的領(lǐng)導(dǎo)下，當(dāng)時(shí)依然是一所教會(huì)學(xué)校的麥馬無論在科研方面及收生人數(shù)都有顯著增長，但亦因此而面對(duì)著龐大的財(cái)政壓力。直至1957年，麥馬轉(zhuǎn)變成一所非教會(huì)私立大學(xué)。而一直和學(xué)校保持著密切關(guān)系的浸信會(huì)則繼續(xù)在校園內(nèi)的神學(xué)院（Divinity College）教授倫理學(xué)，維持著學(xué)校一貫的宗教傳統(tǒng)。11年后，根據(jù)麥馬士達(dá)（1968-1969）條例 （McMaster Act of 1968-1969），除神學(xué)院維持現(xiàn)狀外，學(xué)校其余部份則劃分成文學(xué)部、理學(xué)部及健康科學(xué)部。1974年，經(jīng)過一連串的改革和整合后，原本的部門陸續(xù)演變成今日的人文科學(xué)學(xué)院、社會(huì)科學(xué)學(xué)院、理學(xué)院、工程學(xué)院、健康科學(xué)學(xué)院及商學(xué)院。
