1810年柏林大學(xué)創(chuàng)校，校區(qū)原址位于菩提樹下大街。到第二次世界大戰(zhàn)結(jié)束為止，柏林原本只有一個(gè)“柏林大學(xué)”，而大學(xué)師生也很驕傲地以拉丁文校名柏林大學(xué)（Alma mater berolinensis）自稱。
冷戰(zhàn)期間，柏林大學(xué)被劃入東柏林境內(nèi)，部分師生從原校出走，并在以美國(guó)、英國(guó)及法國(guó)為首西方陣營(yíng)的支持下，在1948年于西柏林成立了“自由的柏林大學(xué)”（即今柏林自由大學(xué)），成為西德學(xué)術(shù)重鎮(zhèn)�！罢鎸�(shí)、公平、自由”是柏林自由大學(xué)建校以來(lái)的校訓(xùn)。柏林大學(xué)分裂之後，位於東柏林的原址校區(qū)則于1949年改名為現(xiàn)今的柏林洪堡大學(xué)，以紀(jì)念大學(xué)創(chuàng)辦人、德國(guó)著名教育改革家威廉·馮·洪堡兄弟。1990年兩德統(tǒng)一后柏林自由大學(xué)和柏林洪堡大學(xué)各自存續(xù)，沒(méi)有合并。這兩所“柏林大學(xué)”如今是各自獨(dú)立的大學(xué)并維持密切的合作關(guān)系。2003年，兩所“柏林大學(xué)”將各自的醫(yī)學(xué)院合并成柏林大學(xué)夏里特醫(yī)學(xué)院（Charité - Universit?tsmedizin Berlin），成為歐洲最大的教學(xué)醫(yī)院之一
