該校受國(guó)防部和州教育部雙重領(lǐng)導(dǎo)。但學(xué)術(shù)問(wèn)題由學(xué)校自行解決，教授需經(jīng)有關(guān)州的教育部同意后由國(guó)

防部長(zhǎng)任命。學(xué)校設(shè)校長(zhǎng)1名，校長(zhǎng)每屆任期6年。校長(zhǎng)為文官。校長(zhǎng)的領(lǐng)導(dǎo)工作可得到學(xué)校評(píng)議會(huì)的有力支持，評(píng)議會(huì)是學(xué)校對(duì)一切學(xué)術(shù)活動(dòng)的決策機(jī)關(guān)。學(xué)校下設(shè)教學(xué)與研究部、行政管理部、學(xué)員部三個(gè)機(jī)構(gòu)。教學(xué)與研究部下轄計(jì)算機(jī)中心、語(yǔ)言中心、體育中心、文件資料中心、校圖書館中心，還有18個(gè)專業(yè)系，每個(gè)系有一個(gè)行政管理單位和一個(gè)專業(yè)圖書館，有的系還有若干個(gè)實(shí)驗(yàn)室和車間。學(xué)員部，由所有在校學(xué)習(xí)的學(xué)員組成，由一位軍隊(duì)勤務(wù)長(zhǎng)官領(lǐng)導(dǎo)。該校教職人員 295人，軍事教官16人。專業(yè)教育全是文職人員。軍事教官的主要任務(wù)是，幫助學(xué)員復(fù)習(xí)學(xué)過(guò)的軍事知識(shí)和給他們講授新的軍事專業(yè)知識(shí)；給教職人員通報(bào)軍隊(duì)情況；考察學(xué)員的學(xué)習(xí)情況和工作能力，畢業(yè)時(shí)提出對(duì)學(xué)員的使用意見(jiàn)。學(xué)校能容納學(xué)員2070人。學(xué)員平時(shí)著便服，只是在每星期三下午軍訓(xùn)時(shí)才著軍服。學(xué)員在校的學(xué)習(xí)和生活條件比較優(yōu)越，生活津貼按學(xué)習(xí)時(shí)間逐年增加。成績(jī)優(yōu)秀者也可攻讀博士學(xué)位。成績(jī)不及格者則須提前退役。

漢堡聯(lián)邦國(guó)防軍大學(xué)基本學(xué)制3年零3個(gè)月，最后3個(gè)月為畢業(yè)考試時(shí)間，整個(gè)學(xué)習(xí)時(shí)間最長(zhǎng)不超過(guò)4年。每年有3個(gè)學(xué)期，每期3個(gè)月，即從10月1日至12月底為秋季學(xué)期；第2年1月1日至3月底為冬季學(xué)期；從4月1日至6月底為春季學(xué)期；7月1日至9月底為年度休假，其中約有8周時(shí)間用于專業(yè)實(shí)習(xí)和軍事訓(xùn)練，