漢諾威醫(yī)學(xué)院的成立要追溯到1961年，當(dāng)年6月國家科學(xué)委員會建議在聯(lián)邦德國建立7所新的醫(yī)學(xué)院，以增加國內(nèi)的醫(yī)學(xué)生數(shù)量至7000人。數(shù)月內(nèi)，下薩克森州議會決定建立一所州立醫(yī)學(xué)院。
于1961年12月成立漢諾威醫(yī)學(xué)院委員會，次年2月委員會決定將學(xué)校選址于漢諾威市，1963年下薩克森州下發(fā)政府宣布建立漢諾威醫(yī)學(xué)院。1965年漢諾威醫(yī)學(xué)院的行政及教學(xué)結(jié)構(gòu)基本確立，校區(qū)建成。1965年5月17日，漢諾威醫(yī)學(xué)院成立儀式在漢諾威獸醫(yī)大學(xué)開啟。漢諾威醫(yī)學(xué)院的創(chuàng)始人是亨廷頓大學(xué)內(nèi)科學(xué)專家Rudolf Schoen教授，其繼任者Fritz Hartmann 教授在漢諾威醫(yī)學(xué)院的內(nèi)涵提升和外在發(fā)展方面做出了重大貢獻。漢諾威醫(yī)學(xué)院分布是以校園式風(fēng)格呈現(xiàn)的。臨床醫(yī)學(xué)院和相關(guān)研究所的毗鄰確保了治療、教學(xué)和科研的有機結(jié)合。1965年的夏季學(xué)期在Oststadt醫(yī)院開始了漢諾威醫(yī)學(xué)院的第一節(jié)課。當(dāng)時的師生比例是12:41，但這并沒有持續(xù)很長時間，10年后學(xué)生增至1000人，20年后學(xué)生增至3000人，隨著醫(yī)學(xué)院內(nèi)系所的增加，學(xué)院內(nèi)的教授由最初的12人增至140人，自建立后的12年間，漢諾威醫(yī)學(xué)院完成計劃系所建設(shè)的80%，并開始輸出臨床醫(yī)學(xué)生。
