根據(jù)2018年6月學校官網(wǎng)顯示，學校有國家重點實驗室5個，卓越學科領(lǐng)域8個，聯(lián)合研究單位34個，其他研究所33個。
國家重點實驗室（5個）：轉(zhuǎn)化腫瘤學國家重點實驗室、農(nóng)業(yè)生物技術(shù)國家重點實驗室、藥用植物應用研究國家重點實驗室、合成化學國家重點實驗室、消化疾病研究國家重點實驗室
卓越學科領(lǐng)域（8個）：細胞器生物合成及功能研究中心、網(wǎng)絡編碼研究所、中國社會的歷史人類學研究、植物與環(huán)境互作基因組研究中心、母體血漿胎兒核酸研究中心、中醫(yī)中藥研究與發(fā)展、植物及農(nóng)業(yè)生物科技中心、資訊科技
聯(lián)合研究單位
| 研究單位名稱 |
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草藥研究中心 |
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地球信息科學聯(lián)合實驗室 |
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光機電設(shè)計與工程聯(lián)合研究中心 |
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滬港發(fā)展聯(lián)合研究所 |
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滬港化學合成聯(lián)合實驗室 |
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聯(lián)合傳統(tǒng)醫(yī)學分子實驗室 |
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腦研究中心 |
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清華大學─麻省理工學院─香港中文大學理論計算機科學研究中心 |
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清華大學深圳研究生院─香港中文大學工程學院媒體科學、技術(shù)與系統(tǒng)聯(lián)合研究中心（深圳） |
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人文價值研究中心 |
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汕頭大學．香港中文大學聯(lián)合汕頭國際眼科中心 |
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上皮細胞生物學研究中心 |
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生物醫(yī)學工程聯(lián)合研究中心 |
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香港中文大學─國家中藥現(xiàn)代化工程技術(shù)研究中心中藥標準化和研發(fā)聯(lián)合實驗室 |
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香港中文大學─荷蘭烏得勒支大學語言、認知及大腦聯(lián)合研究中心 |
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香港中文大學─華大基因跨組學創(chuàng)新研究院 |
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香港中文大學─美國馬里蘭大學中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學中心 |
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香港中文大學─南開大學社會政策聯(lián)合研究中心 |
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香港中文大學─智慧中國 機器人與智慧城巿研究中心 |
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香港中文大學/清華大學中國企業(yè)互聯(lián)網(wǎng)運作聯(lián)合研究項目 |
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香港中文大學利群計算及界面科技教育部─微軟重點實驗室 |
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香港中文大學與暨南大學再生醫(yī)學聯(lián)合實驗室 |
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香港中文大學與南京大學脊柱側(cè)彎聯(lián)合研究中心 |
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香港中文大學與浙江大學肝病及消化病聯(lián)合研究中心 |
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香港中文大學與浙江大學天然藥物與毒理學研究聯(lián)合實驗室 |
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香港中文大學與浙江大學先進光子學聯(lián)合研究實驗室 |
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語言與人類復雜系統(tǒng)聯(lián)合研究中心 |
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智能感知系統(tǒng)聯(lián)合研究中心 |
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智能工程聯(lián)合研究中心 |
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中國科學院昆明動物研究所─香港中文大學生物資源與疾病分子機理聯(lián)合實驗室 |
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中國科學院昆明植物研究所─香港中文大學藥用植物化學與植物資源聯(lián)合實驗室 |
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中國科學院上海分院─香港中文大學上海合作中心 |
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中國科學院上海藥物研究所與香港中文大學促進中藥全球化聯(lián)合實驗室 |
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自動化科學與工程聯(lián)合研究中心 |
其他研究所
| 研究所名稱 | ||||
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| 材料科學及技術(shù)研究中心 | 呂志和創(chuàng)新醫(yī)學研究所 | 理論計算機科學與通訊科學研究所 | 數(shù)學科學研究所 | 香港糖尿病及肥胖癥研究所 |
| 光科技研究所 | 全球經(jīng)濟及金融研究所 | 理論物理研究所 | 太空與地球信息科學研究所 | 香港亞太研究所 |
| 環(huán)境、能源及可持續(xù)發(fā)展研究所 | 人類傳意科學研究所 | 植物分子生物學及農(nóng)業(yè)生物科技研究所 | 網(wǎng)絡編碼研究所 | 香港中文大學賽馬會老年學研究所 |
| 精密工程研究所 | 人文學科研究所 | 中國文化研究所 | 未來城市研究所 | 香港中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)學研究所 |
| 經(jīng)濟及金融研究中心 | 深圳研究院 | 中醫(yī)中藥研究所 | 香港癌癥研究所 | 消化疾病研究所 |
| 李嘉誠健康科學研究所 | 生物科技研究所 | 中國科學院香港中文大學深圳先進集成技術(shù)研究所 | 香港教育研究所 | 信興高等工程研究所 |
| 心腦血管醫(yī)學研究所 | 亞太工商研究所 | 亞洲供應鏈及物流研究所 | ||
