1582年，與早年許多在教廷允許（Papal Charter）成立的大學(xué)不同，愛丁堡大學(xué)在蘇格蘭國王詹姆斯六世（James VI）的允許（Royal Charter）和愛丁堡市議會(Town Council)的資助下展開籌建。翌年，大學(xué)正式成立，作為歐洲宗教改革運動之后的第一所市立大學(xué)（Civic University），其最初的名稱是“唐尼斯學(xué)院”（Tounis College），是蘇格蘭的第四所也是整個英語圈的第六所大學(xué)。

在18世紀歐洲啟蒙運動的浪潮中，愛丁堡大學(xué)逐漸成為學(xué)術(shù)中心和歐洲主要大學(xué)之一。著名的大哲學(xué)家大衛(wèi)·休謨（David Hume）年輕時便在學(xué)校受教和成長。在1789年老學(xué)院（Old College）興建之前，學(xué)校并沒有專屬的校園，如今這座建筑物仍然屹立于愛丁堡老城（Old Town）的南橋街（South Bridge）和錢伯街（Chamber Street）交接處，當(dāng)初它的設(shè)計者是著名建筑家羅伯特·亞當(dāng)（Robert Adam）。

愛丁堡大學(xué)在歐洲啟蒙時代具有相當(dāng)重要的領(lǐng)導(dǎo)地位，使愛丁堡市成為了當(dāng)時的啟蒙中心之一，享有“北方雅典”之盛名。其著名校友包括：自然學(xué)家查爾斯·達爾文、物理學(xué)家詹姆斯·克拉克·麥克斯韋、經(jīng)濟學(xué)之父亞當(dāng)·斯密、大哲學(xué)家大衛(wèi)·休謨、啟蒙思想家亞當(dāng)·弗格森、數(shù)學(xué)家托馬斯·貝葉斯、作家阿瑟·柯南·道爾和J·K·羅琳、發(fā)明家亞歷山大·貝爾、英國最偉大的前首相溫斯頓·丘吉爾、英國前首相戈登·布朗、美國獨立宣言簽署人約翰·威瑟斯龐和本杰明·拉什以及被稱為“清末怪杰”的華人奇才辜鴻銘。愛丁堡大學(xué)產(chǎn)生過28位諾貝爾獎獲得者、2位圖靈獎獲得者、1名阿貝爾數(shù)學(xué)獎獲得者。愛丁堡大學(xué)與英國皇室之間保持者非常良好關(guān)系，菲利普親王（His Royal Highness, The Prince Philip, Duke of Edinburgh）從1953到2010年擔(dān)任校監(jiān)（愛丁堡大學(xué)榮譽校長），2011年3月以后則由安妮公主（The Princess Royal）就任。

愛丁堡大學(xué)既珍惜往日的榮譽，又持續(xù)不斷地追求、創(chuàng)新，以其出色而多樣的教學(xué)與研究而享譽世界。愛丁堡大學(xué)分舊學(xué)院（Old College）和新學(xué)院（New College）兩部分，其中舊學(xué)院是法學(xué)院和歐洲研究所所在地。附近有麥克尤恩禮堂（McEwan Hall），是維多利亞農(nóng)業(yè)豐收的象征建筑，內(nèi)設(shè)有2200個座位，專門為舉行畢業(yè)典禮及一些大型正式的洽談會所設(shè)。新學(xué)院位于蒙德山頂，俯瞰王子大街，神學(xué)院位于該地。愛丁堡大學(xué)有3個主要的校區(qū)：喬治廣場（George Square）、國王大廈（King‘s Buildings）和波洛克大廳（Pollock Halls）。舊學(xué)院的一些原始建筑可追溯到1776年，但大多數(shù)建筑是現(xiàn)代的。喬治廣場區(qū)還有愛丁堡大學(xué)的主圖書館（Main Library）；國王大廈區(qū)位于喬治廣場以南約3公里處，大多數(shù)科學(xué)和工程學(xué)院位于該區(qū)，如電子工程學(xué)院、生態(tài)學(xué)院、工程信息學(xué)院以及一些政府科研機構(gòu)。這些建筑多數(shù)建于1920年代，50至60年代擴建，并增設(shè)了氣象學(xué)系、物理天文系以及大學(xué)計算機服務(wù)設(shè)施；波洛克大廳由10個獨立的現(xiàn)代大廳組成，可供近2000名學(xué)生居住。

如今，愛丁堡大學(xué)在英國乃至全世界一直享有很高的聲譽。愛丁堡大學(xué)是最早名列羅素集團（Russell Group）的綜合型大學(xué)之一，同時還是科英布拉集團和Universitas 21的創(chuàng)建成員之一，同時也與牛津大學(xué)，劍橋大學(xué)和倫敦大學(xué)學(xué)院成為歐洲研究型大學(xué)聯(lián)盟（LERU）的四名成員之一，它在教學(xué)和科研方面都享有很高國際聲譽。