UCSD-USTC
該校與中國科學技術大學開展有一系列合作項目，包括華南霧霾的物質來源和形成機制、特大地震破裂規(guī)律等，并取得重要進展。
UCSD中國創(chuàng)新中心
在廣東省與美國加州建立友好省州關系即將滿月之際，天河區(qū)與加州大學圣迭戈分校在天河智慧城合作建設UCSD中國創(chuàng)新中心，著力打造科技研發(fā)高地、高端人才培訓基地和高新技術產(chǎn)業(yè)孵化器。
UCSD-NSYSU
該校自21世紀起與國立中山大學結盟，兩校同為校史較短、海洋學特長、位于風景區(qū)又毗鄰港口的公立研究型大學。中山大學作為南臺灣智庫，設有美國在中國臺灣唯一的半官方機構“美國中心”，同美國交流密切，雙邊學術交流及研究合作已逾10年�！癠CSD-NSYSU雙邊學術研討會”由兩校輪流舉辦，涉及智慧城市、氣膠科學、生醫(yī)科學、光電材料、海洋科學及社會科學等領域。
2018年，下屬Scripps海洋研究所（Scripps Institution of Oceanography）再與該校及國立海洋生物博物館簽署合作備忘錄，三方共同宣示未來將就海洋生物多樣性、珊瑚與其共生藻的關系、珊瑚礁物種繁殖與養(yǎng)殖，以及海洋天然物的開發(fā)等四大重點項目進行研究，以跨國規(guī)模的學術合作聯(lián)手搶救海洋生態(tài)。2019年亦合作“領導力培育計劃”。
UCSD-SYSU
該校與廣州中山大學眼科學國家重點實驗室聯(lián)合研究干細胞治療角膜疾病，相關成果在《自然》雜志發(fā)表。
