香港科技大學是因為1980年代經濟結構轉變而起。由于香港已經進入經濟轉型期，香港政府預計香港經濟會轉型為以高科技與商業(yè)為主，而工商業(yè)要求有更多大學生配合，所以當時香港政府就決定興建第三間大學，以配合這個需要。

1984年，《中英聯(lián)合聲明》簽署，確認英國將于1997年將香港主權移交予中華人民共和國，而當時的英軍便分批撤走，部份軍營也因此而空置。1986年，香港政府選址新界清水灣半島北部大埔仔的前高希馬軍營（Kohima Camp）興建香港科技大學。

1986年3月，香港政府首次公布香港將興建第三所大學。

1986年9月，香港科技大學籌備委員會成立。

1988年9月，吳家瑋教授獲委任為科大創(chuàng)校校長。

1988年11月，香港科技大學校董會主席鐘士元博士主持校園奠基儀式。

1990年10月，科大創(chuàng)業(yè)中心開幕。

1991年1月，科大教務委員會正式成立。

1991年10月，科大舉行開幕典禮。

1993年1月，與香港政府簽署了一億一千八百七十萬元的合約，發(fā)展赤鱲角新香港國際機場的風切變預警系統(tǒng)。

1993年10月，香港科技大學舉行第一次畢業(yè)典禮。

1994年2月，科大研發(fā)的激光沉積生產鉆石薄膜聚合物技術，在美國獲取第一個專利。

1995年1月，比爾·蓋茨蒞臨科大以“數(shù)碼化革命的未來”發(fā)表演說。

1996年1月，科大校長吳家瑋教授，發(fā)起組織東亞研究型大學協(xié)會。

1997年12月，凱洛格 - 科大EMBA課程正式展開。

1999年4月，工商管理學院獲AACSB國際協(xié)會所認可；同月，鐘士元博士退任校董會主席并獲委任為大學首位副校監(jiān)，羅康瑞博士出任校董會主席。

1999年9月，研究項目“資訊科技”被大學教育資助委員會選作卓越學科領域，是科大首個獲此資助的項目。

2000年11月，科大成功研發(fā)世界最細單壁納米碳管，直徑為0.4nm（納米）。

2001年4月，科大在香港會議展覽中心舉行十周年校慶開幕典禮，香港特區(qū)行政長官董建華先生擔任主禮嘉賓。

2001年9月，研究項目“分子神經科學研究之基礎研究及新藥開發(fā)”被大學教育資助委員會選作卓越學科領域，是科大第二個獲此資助的項目。

2001年11月，朱經武教授出任科大的第二任校長。

2002年5月，陳祖澤博士獲委任為第三任校董會主席。

2003年9月，大學的納米材料技術研究所正式成立。

2003年10月，凱洛格 - 科大EMBA課程，被《金融時報》在全球七十五個課程中，評為世界第九位。

2005年7月，霍英東基金捐贈港幣八億元，支持科大策略發(fā)展及內地拓展計劃。

2006年5月，大學圖書館命名為李兆基圖書館，以表彰他對大學的貢獻。

2006年6月，斯蒂芬·霍金教授，為高等研究院主持首場講座。

2007年1月，香港科大霍英東研究院及其研究中心在南沙舉行開幕儀式。

2007年3月，李兆基基金會捐款港幣四億元予科大。

2007年12月，凱洛格 - 科大EMBA課程，首次在《金融時報》的排名榜中位列第一。

2008年4月，張建東博士獲委任為第四任校董會主席。

2008年12月，香港科大深圳產學研大樓舉行奠基儀式。

2009年3月，陳繁昌教授出任第三任科大校長。

2009年10月，凱洛格 - 科大EMBA課程被《金融時報》第二次評為世界第一。

2010年6月，香港科大霍英東研究院大樓在南沙動土興建；同月，科大成立首個分子神經科學國家重點實驗室。

2010年7月，周大福鄭裕彤基金捐贈九千萬元支持科大建設新的研究和學術大樓。

2010年9月，香港科技大學舉辦首個俄鋁校長論壇。

2011年4月，科大慶祝二十周年校慶，時任全國人民代表大會常務委員會副委員長韓啟德教授及香港特別行政區(qū)行政長官曾蔭權先生親臨主持慶典。為了表揚科大的貢獻，中國科學院南京紫金山天文臺特別將一顆編號 202784的小行星命名為“港科大星”。

2011年5月，香港科技大學獲《QS亞洲大學排名》 ( Quacquarelli Symonds ( QS ) Asian University Rankings ) 列為亞洲排名第一的大學。

2011年9月，科大深圳產學研大樓舉行開幕儀式。

2012年4月，鄭裕彤大樓舉行奠基儀式。

2012年7月，“神經系統(tǒng)疾病干細胞研究策略”和“低本高效、綠色環(huán)保的LED芯片系統(tǒng)研究”獲研究資助局撥款開展主題研究。

2012年10月，凱洛格 - 科大EMBA課程連續(xù)第四年被《金融時報》評為世界第一。

2013年6月，香港科技大學連續(xù)三年獲《QS亞洲大學排名》 (Quacquarelli Symonds (QS) Asian University Rankings) 列為亞洲排名第一的大學。

2013年7月，“新型的光波及聲波功能材料研究”和“神經突觸的發(fā)育，訊號轉導及精神疾病的分子機理研究”獲大學教育資助委員會選作卓越學科領域。

2013年9月，李兆基校園舉行開幕典禮；同月，科大成立先進顯示與光電技術國家重點實驗室。

2013年10月，凱洛格 - 科大EMBA課程連續(xù)第五年被《金融時報》榮膺全球第一。

2013年11月，香港科技大學賽馬會高等研究院舉行冠名典禮暨冠名教授席就職典禮。

2014年10月，何廷錫伉儷全新訪客資訊中心舉行開幕典禮。

2014年12月，香港科技大學霍英東研究院新大樓舉行開幕典禮；同月，科大畢業(yè)生就業(yè)能力全球排行16位，位列大中華院校之首。

2015年1月，教資會“2014研究評審工作”評價顯示科大研究達“世界領先水平”成績稱冠。

2015年3月，廖長城議員獲委任為第五任校董會主席。

2015年7月，科大“本科生研究計劃”踏入十周年。

2015年9月，水上活動中心一期工程舉行動土儀式。

2015年11月，科大畢業(yè)生于全球大學就業(yè)能力調查及排行14位，蟬聯(lián)大中華院校之首。

2016年2月，鄭裕彤樓舉行開幕典禮。

2016年3月，科大舉行第三屆冠名教授席就職典禮。

2016年5月，科大主辦香港首個亞洲物理奧林匹克；同月，香港科技大學香港中華廠商聯(lián)合會演講廳命名典禮。

2016年6月，香港科技大學二十五周年校慶，與《泰晤士高等教育》合辦首屆亞洲大學峰會。

2016年7月，科大與國際數(shù)學奧林匹克香港委員會合辦2016年國際數(shù)學奧林匹克。

2016年10月，凱洛格－科大行政人員工商管理碩士（EMBA）課程在英國《金融時報》全球EMBA課程2016年排名中位列榜首，第七度榮膺全球第一EMBA課程。

2016年11月，香港科技大學于該年度的全球大學就業(yè)能力排名（Global Employability University Ranking 2016） ，躍升一級至全球第13名，同時位列大中華之首�？拼螽厴I(yè)生就業(yè)能力已連續(xù)四年高踞大中華榜首及全球首20名。

2017年4月，英國《泰晤士高等教育》（Times Higher Education，THE）公布2017年全球年輕大學排名榜，創(chuàng)校26年的香港科技大學排名全球第二。

2017年10月，英國《金融時報》公布2017年全球行政人員工商管理碩士課程（EMBA）排名榜，由香港科技大學與美國西北大學凱洛格管理學院合辦的EMBA課程第八次登上榜首。

2017年11月，英國《泰晤士報高等教育》發(fā)布2017年全球大學畢業(yè)生就業(yè)競爭力排行榜，香港科技大學排名全球第12、亞洲第二。

2018年4月，由香港科技大學及北京大學牽頭，多所香港與北京大學共同發(fā)起的京港大學聯(lián)盟正式成立。

2018年6月，英國泰晤士報高等教育特刊公布2018年全球最佳年輕大學排行榜，香港科技大學榮登榜首。

2018年9月，史維教授出任科大第四任校長。

2018年10月，英國《金融時報》公布2018年全球行政人員工商管理碩士（EMBA）課程排名，香港科技大學與美國凱洛格商學院合辦的EMBA課程第九度位列榜首。