成立1961年7月15日，為了滿足佛羅里達(dá)州南部蓬勃發(fā)展的教育需求，州議會(huì)通過法案授權(quán)在博卡拉頓市成立一所新的大學(xué)。佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)是在一個(gè)博卡拉頓20世紀(jì)40年代一個(gè)美國陸軍飛行基地上建設(shè)起來的。該基地曾于第二次世界大戰(zhàn)期間由美國陸軍航空隊(duì)使用，是當(dāng)時(shí)該部隊(duì)唯一的雷達(dá)訓(xùn)練設(shè)施�；亟ㄔ谝延械牟┛ɡD機(jī)場和相鄰的23.7平方公里土地上。這些土地大部分是從大和殖民地失敗后的日裔農(nóng)民手中通過征收等方式獲得的，許多在二戰(zhàn)初期失去土地的日裔美國人對(duì)此也幾乎沒有什么追索權(quán)。
博卡拉頓空軍基地原本的用途主要是雷達(dá)訓(xùn)練，沿海岸線進(jìn)行反潛艇巡邏，而且還是飛機(jī)通過南美洲飛往非洲和歐洲的一個(gè)停留點(diǎn)。這里擁有1.6萬人的兵力和1200名平民工人。機(jī)場由四條跑道組成，每條長1580米，其中三條跑道組成一個(gè)三角形，另外一條則將三角形平分。這些跑道如今在博卡拉頓校園內(nèi)仍然清晰可見并主要用作停車場。戰(zhàn)爭期間，該機(jī)場一度增加到擁有800多幢樓宇，入住超過10萬名飛行員，其中還包括那些登上艾諾拉·蓋號(hào)轟炸機(jī)在廣島投下一顆原子彈的飛行員。隨著戰(zhàn)爭的結(jié)束，博卡拉頓陸軍機(jī)場的使用率也相應(yīng)下降。到1945年底，整個(gè)基地僅有約100架飛機(jī)駐扎。
1947年初，軍方?jīng)Q定將以后的雷達(dá)訓(xùn)練轉(zhuǎn)移到密西西比州的基斯勒空軍基地進(jìn)行。1947年9月17日，勞德代爾堡颶風(fēng)襲擊佛羅里達(dá)州南部地區(qū)，軍方?jīng)Q定于是得到了最終確定。據(jù)歷史學(xué)家唐納德·庫爾（Donald Curl）所說，“1947年的風(fēng)暴對(duì)基地匆忙建成的框架結(jié)構(gòu)造成了廣泛的破壞，還導(dǎo)致了洪水泛濫”。在這樣的情況下，美國空軍比原計(jì)劃提前放棄了這個(gè)基地。
1947年空軍的撤離讓博卡拉頓陸軍機(jī)場已經(jīng)基本荒廢。曾在這一期間造訪機(jī)場的歷史學(xué)家羅杰·米勒（Roger Miller）描述基地只有“一間小辦公室檢查人員進(jìn)出，一個(gè)日益惡化的空曠食堂，還有20來幢二戰(zhàn)時(shí)期的老式木制建筑”。
擴(kuò)張與增長
佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)于1964年9月14日首度開學(xué)，第一批學(xué)生一共是867人，入讀校內(nèi)5個(gè)不同的學(xué)院。學(xué)校授予的第一個(gè)學(xué)位是1964年10月25日開學(xué)典禮上授予第36任美國總統(tǒng)林登·B·約翰遜的名譽(yù)博士學(xué)位，他也親自到場并正式宣布大學(xué)開放。這個(gè)時(shí)候，大學(xué)一共有350名雇員，其中120名是教員。1965年9月正式落成的阿岡昆館則是校園內(nèi)的首幢學(xué)生公寓。
隨著校園周邊區(qū)域人口的增長，佛羅里達(dá)大西洋也在不斷地?cái)U(kuò)張。大學(xué)原本只接收高年級(jí)學(xué)生和研究生，因?yàn)榉鹆_里達(dá)州政府原本只打算讓這所學(xué)府“與州內(nèi)的社區(qū)大學(xué)系統(tǒng)形成互補(bǔ)，接收那些已經(jīng)從其他大學(xué)中獲得了副學(xué)士學(xué)位的學(xué)生”。
1971年，佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)在勞德代爾堡商業(yè)大道建成的新校園正式開學(xué)，學(xué)校也擴(kuò)張成為了擁有多個(gè)校園的分布型大學(xué)。由于佛羅里達(dá)州南部人口的迅猛增長，1984年，佛羅里達(dá)大西洋又跨出了擴(kuò)張的一大步，向低年級(jí)本科生敞開了大門。一年后，大學(xué)又在勞德代爾堡市中心的拉斯·歐拉斯大道開放了第三個(gè)校園。
近期歷史
1989年，面對(duì)佛羅里達(dá)州南部地區(qū)增長的高等教育需求，州議會(huì)指定佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)作為布勞沃德縣的引領(lǐng)州立大學(xué)。為了滿足這一需要，大學(xué)于1990年在布勞沃德縣西部的戴維市開辦了一個(gè)新校園，又于1997年在達(dá)尼亞灘新建了另一個(gè)校園。學(xué)校還于1994年在亞盧西亞縣購買了0.2平方公里土地建立又一個(gè)新校園。1999年，大學(xué)位于朱庇特的約翰·D·麥克阿瑟校園開學(xué)，這里也是大學(xué)榮譽(yù)學(xué)院的所在地。
2004年，佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)與邁阿密大學(xué)下屬的倫納德·米勒醫(yī)學(xué)院在查爾斯·E·施密斯生物科學(xué)學(xué)院建立了醫(yī)學(xué)培訓(xùn)課程。大學(xué)原計(jì)劃建造一所新的教學(xué)醫(yī)院來與主校園的博卡拉頓地區(qū)醫(yī)院配合運(yùn)作，但由于2007年財(cái)政預(yù)算出現(xiàn)赤字，醫(yī)院的建設(shè)被無限制推遲。不過到了2010年，佛羅里達(dá)大西洋建立了自己的醫(yī)學(xué)院。2007年，海港分支海洋學(xué)研究所（Harbor Branch Oceanographic Institution，簡稱HBOI）也與大學(xué)合并，成為佛羅里達(dá)大西洋的第七個(gè)校園，為此佛羅里達(dá)州議會(huì)撥款4400萬美元給大學(xué)來收購這家研究所。
自1964年開辦以來，佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)已經(jīng)發(fā)生了巨大的變化。2010年，有約28000名學(xué)子在橫跨193公里分布的七個(gè)校園上課。大學(xué)由10個(gè)學(xué)院組成，擁有超過3200名教師和工作人員。由于經(jīng)濟(jì)惡化，大學(xué)獲得的捐贈(zèng)金額從2008年6月的1.82億美元下滑到了2009年1月的1.42億美元。
自成立以來，大學(xué)已經(jīng)有過7位校長。第7位校長瑪麗·珍·桑德斯博士于2010年3月3日上任，2013年5月15日辭職。她之前的一任校長是曾擔(dān)任佛羅里達(dá)州副州長的弗蘭克·布羅剛，他于2009年末成為佛羅里達(dá)州立大學(xué)系統(tǒng)的校監(jiān)。之前的大學(xué)校長還包括安東尼·卡坦尼斯博士，海倫·帕普維奇博士（Dr. Helen Popovich）、格倫伍德·克里奇博士（Dr. Glenwood Creech）和肯尼斯·拉斯特·威廉斯博士（Dr. Kenneth Rast Williams）等。
