佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)擁有19支大學(xué)體育代表隊(duì)，其中佛羅里達(dá)大西洋貓頭鷹隊(duì)已經(jīng)成為全美大學(xué)體育協(xié)會(huì)最高級(jí)別的美式足球隊(duì)伍。大學(xué)的體育課程開設(shè)于1979年，學(xué)校首度贊助校際球隊(duì)。自那以后，大學(xué)通過聘請(qǐng)霍華德·施納倫伯格、馬特·多赫蒂、雷克斯·沃爾特斯和邁克·賈維斯等教練來提高校隊(duì)的體育競(jìng)技水平。2006年，美國大學(xué)生競(jìng)技董事協(xié)會(huì)將佛羅里達(dá)大西洋大學(xué)的體育部門排在全國第79位。這一排名讓佛羅里達(dá)大西洋步入全美大學(xué)體育協(xié)會(huì)最高級(jí)別的326所學(xué)府中最好24%的行列，大學(xué)的校色分別是FAU藍(lán)、FAU紅和FAU銀。

2008年，佛羅里達(dá)大西洋貓頭鷹隊(duì)在常規(guī)賽取得了6勝6負(fù)的成績而獲邀參加2008年汽車城杯，貓頭鷹隊(duì)以24比21戰(zhàn)勝中密歇根大學(xué)，將決賽紀(jì)錄刷新為兩勝無負(fù)。之前的一個(gè)賽季中，球隊(duì)在常規(guī)賽決賽中擊敗特洛伊大學(xué)而獲得參加新奧爾良杯的入場(chǎng)券。這時(shí)大學(xué)的美式足球項(xiàng)目組建還只有7個(gè)年頭，也是參加最高級(jí)別比賽的第3個(gè)年頭。在這場(chǎng)比賽中獲勝后，佛羅里達(dá)大西洋不但創(chuàng)造了全美大學(xué)體育協(xié)會(huì)大學(xué)體育項(xiàng)目組建后以最快速度打入最終決賽的新紀(jì)錄，還創(chuàng)造了最快獲得全國冠軍的新紀(jì)錄，大學(xué)的聲譽(yù)也由此得到了激增。

過去的賽季中貓頭鷹隊(duì)的表現(xiàn)為其獲得了多項(xiàng)榮譽(yù)。2006-2007賽季，其男子籃球隊(duì)成為全國大學(xué)籃球隊(duì)中的“最佳進(jìn)攻隊(duì)伍之一”，其“恐怖的進(jìn)攻”為之贏得了“最佳投籃球隊(duì)”的聲譽(yù)。2010年男子籃球隊(duì)首次以61比59險(xiǎn)勝密西西比州立大學(xué)，并以50比42擊敗南佛羅里達(dá)大學(xué)，獲得了21勝9負(fù)的好成績。

學(xué)校的棒球隊(duì)也獲得了全美大學(xué)體育協(xié)會(huì)的認(rèn)同，在5個(gè)團(tuán)隊(duì)類別中都評(píng)上了前10名。球隊(duì)的均場(chǎng)本壘打率（1.66）和長打率（.563）均在全國排名第3。2010年，貓頭鷹棒球隊(duì)打出了21勝9負(fù)的好成績，并在決賽中以37比24戰(zhàn)勝佛羅里達(dá)國際大學(xué)贏得常規(guī)賽季冠軍。