1991年7月15日，根據(jù)《勃蘭登堡州高等院校法》，原來的波茨坦勃蘭登堡州立高等學(xué)校（BrandenburgischenLandeshochschulePotsdam，前身為1948年至1951年間的“卡爾·李卜克內(nèi)西”教育高等學(xué)校（P?dagogischeHochschule“KarlLiebknecht”））和波茨坦-巴貝斯堡法學(xué)及行政學(xué)高等學(xué)校（HochschulefürRechtundVerwaltungPotsdam-Babelsberg，前身為“瓦爾特·烏布利�！钡乱庵緡液头煽茖W(xué)院（德語：DeutscheAkademiefürStaats-undRechtswissenschaft?WalterUlbricht“））合并，成立了年輕的波茨坦大學(xué)。正因如此，波茨坦大學(xué)的重點(diǎn)之一仍然是師范教育。建校時(shí)任校長的是化學(xué)家、后來的勃蘭登堡聯(lián)邦州憲法法庭法官羅爾夫·米茨納（德語：RolfMitzner）。
位于戈?duì)柲罚ǖ抡Z：Golm）的前東德國家安全部高等學(xué)校（德語：HochschuledesMinisteriumsfürStaatssicherheit）校區(qū)，如今也屬于波茨坦大學(xué)，是人類學(xué)、數(shù)學(xué)-自然科學(xué)學(xué)院所在地。
2009年10月，波茨坦大學(xué)從十所德國高校中脫穎而出，被德意志科學(xué)基金贊助者聯(lián)合會(huì)（StifterverbandfürdieDeutscheWissenschaft）和德國文化部長常設(shè)會(huì)議（Kultusministerkonferenz）授予“卓越教學(xué)（德語：ExzellenzinderLehre）”榮譽(yù)，獎(jiǎng)金一百萬歐元。盡管這之前，大學(xué)一位教授出版的書《UniversalAlgebraandApplicationsinTheoreticalComputerScience》曾受到抄襲指控。
