波茨坦大學下屬五個學院：
法學院
法學院的課程包括了成為一名完全法官（德語：Volljurist）所需的全部基礎(chǔ)和必修科目，以及民法、刑法和公共法等。
法學院的教研重點是法律基礎(chǔ)、民事司法制度、經(jīng)濟法、國際法、公共行政，以及經(jīng)濟、稅務(wù)、和環(huán)境刑法。此外還有區(qū)域發(fā)展學（Kommunalwissenschaft）系為區(qū)域發(fā)展領(lǐng)域提供的其他培訓和進修，以及人類法律中心（MenschenRechtsZentrum）提供的國際關(guān)系課程。
法學院的一個全國特色專業(yè)，是和法國巴黎拉德芳斯的巴黎第十大學合作設(shè)置的“德-法法學專業(yè)”。此專業(yè)不僅提供交流項目，還在第一、二學年，為學生提供學習法國法律的機會。有關(guān)法國法律的課程，會由法國客座講師用法語教授。
哲學學院
哲學學院由神學、猶太學、哲學、歷史學、精典語言學、日耳曼語言文學、英文學、美洲學、羅曼學、斯拉夫?qū)W以及藝術(shù)和媒體專業(yè)組成。這些專業(yè)的重點研究主題，涵蓋了文化變遷、生活方式、生活哲學、以及在歐洲的地域性和同一性等層面。
人類學學院
經(jīng)濟和社會科學學院由企業(yè)和國民經(jīng)濟學、政治學、管理學和社會學系組成。其他教研重點包括革新和技術(shù)領(lǐng)域。
數(shù)學和自然科學學院
由生物化學、生物學、化學、食品科學、地理學、地球和環(huán)境科學、信息學、數(shù)學、物理學、天文學系，以及波茨坦植物園。重要的專業(yè)有地理生態(tài)學、地理科學、食品科學、高分子科學和軟件系統(tǒng)工程。
