斯坦福大學的研究機構由院系實驗室、大學與工業(yè)合作的研究中心、政府設在大學的研究中心以及獨立研究機構四種類型組成，四類研究機構總共包括122個研究單位，分別是 70 個中心（Center）、16個實驗室 （Lab）、10個研究所（Institute），以及各種項目（Project）、論壇 （Forum）、計劃（Program）、研究組（Group）等其他研究機構25個，其中獨立科研機構共有12個 ，其中工程類5個，人文社會科學類7個 。 根據(jù)學校官網統(tǒng)計， 科研機構已經承擔了斯坦福大學科研總量的20% ，學校的多數(shù)學術活動和項目都是由科研機構舉辦的。
其他隸屬斯坦福的研究機構包括：SLAC國家加速器實驗室（前身為斯坦福線性加速器中心）、斯坦福國際研究中心（原在大學校園內，現(xiàn)為獨立機構）、胡佛研究所（公眾政策研究的智庫）及哈索·普拉特納設計研究學院（與波茨坦大學的哈索·普拉特納研究學院合作的一個跨學科設計學院）。 蘇聯(lián)曾經由于無法在自己的圖書館內找到1917年三月的“真理報”（第一期）副本，而不得不求助胡佛研究員提供一份原版的微縮膠片存檔。
